Eski ve yeni müelliflerin hemen hepsinin verdikleri bilgilerden, Osmanlı döneminin Ezher Külliyesinin en parlak devirlerinden biri olduğunu çıkarmak mümkündür. Ancak özellikle bazı yeni araştırmacıların bu açık gerçeği hafife alan, hatta inkâra varan taraflı beyanlardan kaçınmadıkları görülmektedir. Meselâ Mısırlı çağdaş araştırmacılardan Suâd Mâhir, Mesâcidü Mıṣr adlı kitabında Mısır’ın Osmanlılar tarafından fethedilmesiyle burada üç asır boyunca gelişmiş İslâm medeniyetine vurulan darbenin Moğollar’ın Abbâsî medeniyetine vurduğu darbeden daha ağır olduğunu söylemekte, arkasından da Türkler’in fethinin daha önce Mısır’da gelişen bu üç asırlık medeniyet nurunun söndürülmesi için yapıldığını, bunun Mısır’daki ilmî ve fikrî hayata akseden menfî tesirlerinden Ezher’in de pek ağır bir şekilde nasibini aldığını ilâve etmektedir (I, 169-170). Ancak Ezher’in Osmanlı devrinde nasıl gerilediğini delillendirip açıklayamayan yazar, birkaç sayfa sonra ise Osmanlı devrinde Ezher’in kültür hayatı bakımından ağır tahribata uğradığını, fakat bütün bunlara rağmen mimari bakımdan ihmal edilmediği gibi korunup yenilendiğini, hoca ve öğrencilerinin de özel ihtimam gördüğünü belirterek önceki beyanlarını âdeta yalanlamak durumuna düşmüş (a.g.e., I, 208), ardından da Osmanlı devrinde Ezher’de yaptırılan imar faaliyetlerini uzun uzun anlatmıştır (a.g.e., I, 208-213). Suâd Mâhir aynı tutarsız bilgileri, ifadesini dahi değiştirmeden on beş yıl sonra yayımladığı el-ʿİmâretü’l-İslâmiyye ʿalâ merri’l-ʿuṣûr (Cidde 1985) adlı kitabında da tekrarlamaktadır (I, 376-377, 406-407). Bütün bunların ilmîlikten ne kadar uzak ve indî fikirler olduğu, müellifin yukarıya nakledilen açıklamaları kadar Ezher hakkında müstakil ve hacimli eserler veren Muhammed el-Behî ve Tâhâ el-Velî gibi diğer Mısırlı araştırmacıların yazdıklarından da (bk. bibl.) anlaşılmaktadır. Ayrıca Osmanlı devrinde gerek binalarına gerekse hocalarıyla öğrencilerine karşı gösterilen ilgi ve sağlanan imkânlar sayesinde Mısır’daki ilmî ve fikrî hayatın en güçlü ve devamlı temsilcisi olduğu kabul edilen Ezher hakkında ileri sürülmüş bu çelişkili iddiaların kabul edilmesi ortaya konulan deliller açısından da mümkün değildir. Bu iddianın kaynağı olarak İbn İyâs’ın Bedâʾiʿu’z-zühûr adlı eserinde kaydettiği (V, 188), Yavuz Sultan Selim’in Mısır’ı fethinden sonra oranın meşhur âlim, sanatkâr, tüccar ve devlet adamlarından, aileleri ve hizmetkârlarıyla birlikte sayıları bir rivayete göre 1800, bir rivayete göre daha az olan bir topluluğu İstanbul’a göndermesi hadisesi gösterilmektedir. Aynı konuya temas eden Muhammed Abdülmün‘im Hafâcî de bunu “Mısır ulemâ ve ekâbirinden yüzlercesinin nefyedilmesi” şeklinde kaydetmektedir ki (el-Ezher fî elf ʿâm, I, 118) bu da öncekiler gibi yanlış ve tarafgir bir değerlendirmedir. Halbuki müellifin verdiği kaynakta (Bedâʾiʿu’z-zühûr, V, 188 vd.) ulemâdan isimleri sayılanlar yirmiyi bulmamaktadır. Bu durum, İbn İyâs’ın da söylediği gibi Osmanlılar’ın fethettikleri her beldede asırlardır uyguladıkları bir usulün tabii neticesi olmakla birlikte hiçbir zaman bir şehri, bir müesseseyi harap edecek ve adına sürgün denilebilecek bir özellik göstermemiş, ayrıca bu âlimlerin çoğu İstanbul’da üç yıl gibi kısa bir süre kaldıktan sonra Kanûnî Sultan Süleyman zamanında çıkan bir fermanla geri dönmüşlerdir. Dolayısıyla bu yorumlar, birçok Mısırlı yazarın her fırsatta tekrarladığı Osmanlı Devleti aleyhindeki yanlış kanaatin bu vesileyle de açığa vurulmasından başka bir şey değildir.
Osmanlılar’ın Ezher’e gösterdikleri büyük ilgi, Kahire’nin 923’te (1517) Yavuz Sultan Selim’in eline geçmesiyle başlamıştır. İbn İyâs’ın kaydettiğine göre sultan ilk cuma namazını Ezher’de kılmış, şehirde kaldığı süre içinde sık sık burayı ziyaret ederek her gelişinde müesseseye de hoca ve öğrencilere de büyük meblağlar tutan ihsanlarda bulunmuştur. Osmanlılar zamanında Ezher’de gerçekleştirilen belli başlı tamir, bakım ve ilâve inşaat faaliyetleri şu şekilde özetlenebilir:
1004’te (1595) Mısır Valisi Şerif Mehmed Paşa caminin harap olan kısımlarını onarttı ve günümüzde de Kıbletü’l-bâşâ adıyla anılan mihrabı yaptırdı; ayrıca talebelerin yemek işlerini düzene koyup mutfak tahsisatını arttırdı. 1014’te (1605) Defterdar Hasan Paşa avluyu yeniden döşeterek Revâku’l-Yemen ve Sâdetü’l-Hanefiyye makamı denilen kısımları inşa ettirdi. Kahire’yi 1083 Saferinde (Haziran 1672) ziyaret eden Evliya Çelebi’nin külliyenin mimarisi ve burada yürütülen eğitim faaliyetleri hakkında verdiği ayrıntılı bilgilerden, Ezher’in o dönemde güçlü vakıfları sayesinde gayet bakımlı ve faal bir durumda olduğu ve şehrin en önemli ilim-ibadet merkezini teşkil ettiği anlaşılmaktadır. 1134 (1721-22) yılında vali İvaz oğlu İsmâil Bey caminin tavanını yeniletmiş, 1148’de de (1735) Emîr Osman Kethüdâ Ezher’in dışında, hâfızlığa çalışan âmâ öğrencilerin kalması için günümüze ulaşmayan Zâviyetü’l-umyân’ı yaptırıp Revâku’l-Etrâk ile Afganistan’dan gelen öğrencilerin kaldığı Revâku’s-Süleymâniyye’yi tamir ettirerek Revâku’ş-Şâm’ı genişletmiş ve külliyeye yeni gelirler bağlatmıştır. 1163’te (1750) Mısır Valisi Kör Ahmed Paşa da son zamanlarda Ezher Kütüphanesi’nde muhafaza altına alınmış olan iki adet güneş saati yaptırarak camiye hediye etmiştir.
Ezher’i mimari bakımdan inceleyen araştırmacılar buradaki bakım, onarım ve genişletme çalışmalarının en büyük çaplı olanının Kazdağlı Abdurrahman Kethüdâ tarafından yaptırılan çalışma olduğu konusunda görüş birliği içindedirler. Bu hayır sahibi devlet adamı 1167 (1753) yılında, caminin kapalı mekânını mihrabın arkasına doğru yaklaşık bir misli genişlettirmiştir. Elli mermer sütunun taşıdığı kemerler üzerine oturmuş ahşap tavanla örtülen bu yeni kısmın kıble duvarına ayrıca mermerden güzel bir mihrap yerleştirilmiş ve üzerine bir kubbe yapılmıştır. Mihrabın sağında da devrin ahşap işçiliğinin karakteristik özelliklerini taşıyan bir minber bulunmaktadır. Halen soldaki duvarda görülen, üzerinde sekizgen bir istif halinde kûfî hatla Allah, Muhammed ve aşere-i mübeşşere isimlerinin yazılı olduğu mermer levha ise bu ilâve kısma bitişik yaptırılan bâninin türbesinden alınıp daha sonraki bir tamirde buraya monte edilmiştir.TDV islam ansiklopedisi)
